Alfonso II, el Gordo, dinastía de Borgoña

Era hijo de Sancho I y de doña Dulce de Aragón, nació en Coimbra el 23 de abril de 1185. Desde joven sufrió una grave enfermedad, endémica en la Edad Media, que constituía una variante de la lepra. Se casó en 1208 con doña Urraca de Castilla, hija de Alfonso VIII de Castilla. A pesar de su enfermedad, su política se caracteriza por una intransigente defensa de los principios, de los derechos y de la autoridad de la Corona. Para conseguirlo, basa su poder en el apoyo de los clérigos imbuidos en las doctrinas de las teorías romanistas, difundidas desde la Escuela de Derecho de Boloña. Entre los principales mentores de esta ideología, hemos de destacar a los cancilleres Gonzalo Mendes y Julián País. 

Una importante facción de la nobleza concedió su apoyo a la Corona, con la convicción de que este apoyo les garantizaría las posiciones ganadas. Uno de los principales partidarios de Alfonso II es su mayordomo Pero Anes da Novoa, cuya acción destaca a partir de 1217. 

Esta orientación política se manifestaba claramente en la reunión de Coimbra de 1211, entre la nobleza y del clero. Al parecer, es en esta reunión de donde resulta la publicación de la primera colactánea de leyes que impone la centralización del poder de la Corona, coartando los abusos e imponiendo la autoridad del monarca, como garantía del normal funcionamiento de las instituciones. Entre los dispositivos legales aprobados se establece la sustitución de los actos de violencia por la subordinación a las determinaciones forenses, a la que la propia Corona se subordinaba. A su vez se coartaban los abusos cometidos por las órdenes religiosas, las cuales pretendían imponer sus privilegios a determinadas áreas territoriales en las que sus derechos no se aplicaban. 

En este reinado, y con su aplicación a partir de 1220, se ponen en práctica los inquéritos, cuyo objetivo se orienta a reprimir abusos en lo tocante a la apropiación de haciendas ajenas a sus presumibles propietarios. Las confirmaciones puestas en práctica entre 1116 y 1121 se generalizan como actos normales de la administración pública, de modo que la posesión de muchos bienes vuelve a ser propiedad de la Corona. 

El rey tuvo muchos conflictos con sus hermanas Teresa, Sancha y Mafalda, a las que impuso el pago de derechos sobre tierras que habían heredado de su padre. Les impuso el nombramiento de alcaldes en los castillos que les pertenecían. Indignadas sus hermanas, solicitaron la intervención del rey de León Alfonso IX, al tiempo que se quejaban al papa Inocencio III. El arbitraje del monarca leonés tuvo consecuencias positivas. Pero la queja de Alfonso II al Papa dio origen a que el Pontífice determinase que las infantas procediesen a la entrega de las villas y de los castillos a la Orden de los Templarios; asimismo, dictaminó que las infantas pagasen los derechos. 

Entre las reformas de Alfonso II, destacaremos la relación de la corona portuguesa con el papa. Su abuelo Alfonso I Enríquez, para obtener el reconocimiento de la independencia de Portugal, se vió obligado a legislar diversos privilegios para la Iglesia. Pero estas medidas se convirtieron en duras cargas para el país, que veía como la Iglesia se convertía en un estado dentro del estado. Asentada la independencia de Portugal, Alfonso II intentó minar el poder clerical y aplicar parte de las rentas en proyectos de utilidad nacional. Esta actitud provocó un conflicto diplomático entre el Papado y Portugal. Tras ser Excomulgado por el papa Honorio III, Alfonso II prometió rectificar sus errores contra la iglesia pero murió el 25 de marzo de 1223, sin haber hecho ningún esfuerzo para cambiar su política. 

Alfonso, contrajo matrimonio en 1206 con la infanta Urraca de Castilla, hija de Alfonso VIII de Castilla y de Leonor de Plantagenet, prima en cuarto grado, ya que ambos eran descendientes del rey Alfonso VI de León.​ De ese matrimonio nacieron: Sancho II el Capelo o el Piadoso, que sería rey de Portugal; Alfonso III el Boloñés, conde de Boulogne, también rey de Portugal; Leonor, casada con el rey Valdemar III de Dinamarca; y Fernando, señor de Serpa, que casó con Sancha Fernández de Lara, con quién no tuvo descendencia, aunque tuvo un hijo bastardo, Sancho Fernández, prior de San Esteban de Alfama. 

Tuvo dos hijos naturales: Juan Alfonso, que recibió sepultura en el claustro del monasterio de Alcobaça; y Pedro Alfonso, que acompañó a su hermano el rey Alfonso III en la conquista de Faro en 1249, y que tuvo una hija ilegítima llamada Constanza Pérez. ​